Казалось бы, что может быть проще, чем добавить пользователя на сервере? Напечатал в консоли команду adduser, ответил на пару вопросов о пароле и другой информации, и вот, можно заходить с полученным логином и паролем, размещать файлы и т.д.
Затем, вручную, приходится создавать папки. Например, одну для сайта. Другую — для временных файлов, чтобы не бросать их в общий /tmp в целях защиты. Ещё одну — для сессий, если не настроено кэширование в Redis. А ещё же нужно скопировать нужные файлы настроек, типа публичного ssh ключа для аутентификации.